Цитата: Отпускные выплачены 12 июля, но вычет к ним не применен.
Вот именно поэтому рекомендуется применять вычеты к любому доходу, который первый выплачивается в месяце. Потому что потом доходов может и не быть.
Правильно понимаю, что до июля было использовано 6 вычетов - за январь-июнь? Или вычет за июль был применён к зарплате за июнь, которую выплатили в начале июня?
Цитата: В июле применены вычеты ко 2 половине заработной платы, которую выплатили 10 августа.
Вычеты не применяются к отдельно выплаченному доходу. Не забывайте, что расчёт НДФЛ производится
нарастающим итогом применительно ко всем доходам
с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога (п. 3 ст. 226 НК РФ).
Возможно, 10 августа произошёл пересчёт НДФЛ нарастающим итогом с учётом всех положенных вычетов (за январь-июль). Проверьте, сколько вычетов всего использовано.
Цитата: В связи с этим 25.08.2023 при начислении аванса 1с плюсует сумму НДФЛ, которую применили 10 августа.
1С не может ничего "плюсовать". Прочитайте ещё раз, как рассчитывается НДФЛ. В 1С реализован порядок, предусмотренный п. 3 ст. 226 НК РФ.